Los orígenes de la bandera actual de Albania provienen de los estandartes medievales del denominado «héroe» nacional de Albania, el príncipe conocido como Skanderbeg (George Kastrioti).
El águila bizantina fue utilizada con fines heráldicos en la Edad Media por varias familias nobles en Albania y se convirtió en el símbolo de los albaneses. El emblema que en 1443 ondeó sobre la fortaleza de Krujë en su lucha contra los turcos era roja y tenía un águila negra bicéfala. Sometidos e integrados dentro de las posesiones del imperio otomano, el símbolo se olvidó hasta que ya en el siglo XIX los sentimientos nacionalistas lo recuperaron como símbolo.
Fueron los inmigrantes albaneses Faik Konitsa de Bruselas y Querim Panarity, quienes desde Boston exaltaron la figura de Skanderbeg a fines del siglo XIX, pulsando el sentimiento nacionalista que recorría toda Europa. La independencia del dominio otomano se proclamó finalmente el 28 de noviembre de 1912. Desde entonces, diferentes regímenes albaneses (república, monarquía, estado corporativo fascista o república popular comunista) han usado la bandera roja con el águila negra de dos cabezas. Antes de la restauración de la bandera el 22 de mayo de 1993, han sido diferentes emblemas (una cruz, una corona, dos fasces durante la ocupación italiana, o una una estrella comunista) los que acompañaban al águila de la bandera.
Dentro de la simbología cromática de la bandera el rojo representa valentía, fuerza y valor, mientras que el águila bicéfala representa el estado soberano de Albania.
Las banderas marítimas de Albania, la insignia civil y la insignia naval, son diferentes de la bandera nacional. La insignia civil consta de tres bandas horizontales de rojo, negro y rojo. La insignia naval es similar a la bandera nacional, excepto que el águila está en un campo blanco y la parte inferior de la bandera tiene una franja roja.
